Cyprinodon variegatus (sheepshead minnow): 107088976
Help
Entry
107088976 CDS
T06110
Symbol
notch1
Name
(RefSeq) neurogenic locus notch homolog protein 1
KO
K02599
Notch 1
Organism
cvg
Cyprinodon variegatus (sheepshead minnow)
Pathway
cvg04330
Notch signaling pathway
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
cvg00001
]
09130 Environmental Information Processing
09132 Signal transduction
04330 Notch signaling pathway
107088976 (notch1)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
EGF
hEGF
EGF_CA
Ank_2
EGF_2
Ank
Notch
NOD
NODP
Ank_4
Ank_3
Ank_5
EGF_3
cEGF
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
107088976
NCBI-ProteinID:
XP_015236941
Ensembl:
ENSCVAG00000022372
UniProt:
A0A3Q2EIA4
LinkDB
All DBs
Position
Unknown
AA seq
2478 aa
AA seq
DB search
MYRFLVKLTFLIPAIVLSQGLKCSLPTESCLNGGRCEATPNGDGECKCSSEYVGDRCQYP
SPCSPSPCRNGGECRPVSHGNTFDFHCICRLGFTDRLCLTPRNHPCMSSPCRNGGTCDLI
SLSSFRCRCPPGWSGKTCQTPNPCASNPCANGGQCLALDSTFKCNCPSNFQGQTCKQDVN
ECAQNPTLCRNGGLCVNEVGSYHCRCPQEFVGQHCETPYSPCSPSPCQNGGTCVQKGETT
YDCSCLSGFTGQNCEHNIDDCPGHNCQNGGVCVDGVNTYNCQCPPHYTGQFCTENVDECE
LMPNACQNGGTCHDTHGSYHCVCVNGWTGDDCSENIDDCASAACYNGATCHDRVASFFCE
CPHGRTGLLCHLDDACISNPCQKGSNCDTNPVNGKAICTCPPGYTGSACNLDIDECSLGA
NPCEHGGRCLNTLGSFQCKCLQGYEGPRCEMDINECISNPCQNDATCLDQIGGFHCICMP
GYEGVFCHINTDECASQPCLNNGKCIDKINLFHCECPKGFSGNLCQVDIDECASTPCKNG
AKCTDGPNKYTCECAEGYTGQHCEVNINECYSDPCHYGTCKDGLASFTCHCHPGYTGRLC
ETNINECLSQPCKNGGTCQDRENSYICSCPKGTAGFNCEVNLDDCKSQPCDYGRCIDKIN
GYECACEPGYTGTMCNINIDDCVINPCHNGGTCIDGVNSFTCICPEGYHDATCLSEVNEC
ASNPCIHGHCQDLINDYICTCDSGWSGKNCNINNNECESNPCMNGGTCKDMTSGYHCTCR
VGFTGPNCQTNINECASNPCLNQGTCIDDVAGYKCNCLLPYTGENCETLLAPCSPRSCKN
GGMCKEAEDYQSFSCICPEGWQGQTCEIDINECVKNPCRNGAVCLNTMGSFQCKCQPGYT
GQRCETNIDDCKPNPCSNGGLCRDGVNTFTCTCLPGFRGSRCEHDINECESNPCKNGANC
TDCVNSYTCTCPPGFSGINCEINTNDCTDSSCFNGGTCVDGINTFTCLCLTGFTGSYCQY
DIDECDSKPCLNGGTCLDGYGTYKCTCPQGYTGVNCQSLVRWCDSSPCKNGGSCWQQGAS
YTCQCQTGWTGLYCDIPSVSCEVAAKRQGVEVSQLCRNSGQCLDAGNTHYCRCQAGYTGS
YCQEQVDECSPNPCQNGATCNDYLGGYSCECVPGYHGMNCSKEINECQSQPCQNGGTCID
LINTYKCSCPRGTQGVHCEINLDDCNPPSDPLTNEPKCFNNGKCVDRIGGYQCLCPPGYV
GERCEGDVNECLSNPCDPRGSYNCIQLPNSYRCECRTGYTGQRCDKVFDGCKGRPCRNGG
TCAVASNTLHGFICKCPIGFTGSSCEYDSRSCGSLNCRNGGTCVSGLLGPRCLCPSTFTG
PECLTPTDSLCISNPCYNGGTCHITPDAPFFQCSCPSNFNGLLCHILDYSFIGGFGRDIT
PPPEVEVSCEIPQCDEWAGNHICDSLCNNHACGWDGGDCSLNFDDPWQNCSAALQCWRYF
NNGKCDGQCNSPGCLYDGFDCQGQEGQCNPLYDQYCKDHYADGHCDQGCNNAECEWDGLD
CANNMPEKLADGHLVLVVHIPPEQLKNRSSSFLRELSSVLHTNVVFRRDAKGEPMVFPYY
GNEQDLMKHNVLKRSADGWPEWTSMPANVLGQVKESVSSVINKRKRRELDPVQVKGSIVY
LEIDNRQCYQQSSECFQSATDVAAFLGALATSGNLNVPYIEAVTSVRPTAPTEELYPLYL
AFIGVAIFGFIGLGVLVSRKRRREHGQLWFPEGFKVSEPSKKKRREPLGEDSVGLKPMKN
SDSNLMDDNQTEWGDDDPDCRHFKFEDQAMLDLSDHTDQRKWTQQHLDAADLRITSIAPT
PPQGEIENDCMDVNVRGPDGFTPLMIASCSGGGLDNGNSEEEEDPSAEIITDFIYHGANL
HNQTDRTGETALHLAARYARSDAAKRLLESSADANVQDNMGRTPLHAAVAADAQGVFQIL
IRNRATDLDARMHDGTTPLILAARLAVEGMVEELINCHADANATDDSGKSALHWAAAVNN
VEAAMVLLKNGANKDMQDNKEETPLFLAAREGSYETAKVLLEHFANREITDHLDQLPRDI
AQERMHHDIVRLLDEYNVVRSPGLHSAPLSTSTLSPPLCSPNDYLSNLKPTPSGKKVRKP
SSGGKGGKDGGKDIRVKKKKPTDGKNNLLDTTGVLSPVESLESPHGYLSDVASPPMPSPF
QQSPPMSLNHLLGNGDSHAGQINMGKDMSCMSFDPPRLTHLPVSSSSSQGTTSVGGSRGG
QCDWLTRMHPGVSQQGSFTQGPQMSHNMMGPLHGVSTSTLSQIMGYQNLPSSHLGSTAHM
MQQPRSRQLQHQNSNSTTAGQPLSQSFPNVELNGADMQPNGSSGHSVPIHTVLPQEAQML
GTQFPTPPSQHSYTGPMDNTPSHQLQVPDHPFLTPSPGSPDHWSSSSPHSNLSDWSEGIS
SPPTSIHSQINLIPDQFK
NT seq
7437 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtatcgtttcttagtgaaactgacatttctgattccagcaatcgtcctctcacaaggt
ttaaaatgctccctccctactgagtcgtgcctaaatggaggaagatgtgaagccactcca
aatggagatggggagtgcaagtgttccagcgaatatgtgggggatcgatgccaataccca
agcccctgcagtccttcaccctgccgcaacggtggcgaatgccgccctgtctctcatggc
aacacgtttgatttccactgcatatgccgcctgggcttcaccgacagactgtgcctgact
cccaggaaccatccttgcatgagctccccctgtcgcaatggtggaacatgtgacctcatc
agtctcagcagtttccgctgccgatgcccaccgggatggtctggcaaaacttgccagact
cccaacccatgcgcatcaaatccatgtgcaaatggaggccagtgtcttgctttagattcc
accttcaaatgcaactgtccctccaacttccaaggtcaaacctgcaagcaggatgtaaac
gagtgtgcccagaatccaactctgtgtcgcaatggtggcttgtgtgtcaatgaagttggc
tcctaccactgccgctgtcctcaagagtttgttggccaacattgtgaaaccccttactcc
ccatgcagcccctcaccatgccagaatggaggcacgtgtgttcagaagggagaaaccacc
tacgactgtagctgcctttcaggttttacaggccagaactgtgagcacaatatcgatgac
tgtccgggtcataactgtcagaatggtggcgtgtgtgtggatggagtcaacacctacaac
tgccagtgcccacctcattacacaggtcagttctgcactgaaaatgtggatgagtgcgag
ctgatgcccaatgcctgtcagaatgggggaacatgccacgacacgcatggcagctaccac
tgtgtctgtgtcaacggctggactggggatgactgcagcgagaacatcgacgactgtgcc
agtgcggcctgctacaacggcgccacctgccacgatcgtgtggcctcattcttctgcgag
tgtccacatggacgcacaggtttgctgtgccaccttgatgatgcctgtatcagcaatcct
tgccagaagggctcgaactgtgacacaaacccagtaaatggcaaggctatttgcacctgt
cctccgggttacacgggatcggcttgtaacctagacattgatgagtgctccctgggtgca
aacccttgcgagcatggcggtcgttgcctcaacaccttagggtctttccagtgcaagtgt
cttcaaggatacgagggacccagatgtgagatggacattaatgaatgcatatctaatccc
tgccaaaacgatgccacctgtttggaccagattggaggattccactgtatctgcatgcca
gggtatgagggtgttttctgccacatcaacacagatgaatgtgccagccagccttgtctg
aacaacggaaaatgcatagacaagataaatttgttccactgtgaatgtcctaaaggattt
tcaggaaatctgtgtcaggtggatattgatgagtgtgccagcacgccttgcaaaaatgga
gccaaatgtactgatggacccaataaatacacatgtgaatgtgctgaaggttacacaggg
cagcactgtgaggttaacatcaatgagtgttactctgatccttgccattatggtacatgc
aaagatggcctagcttccttcacatgccattgccaccctggctacactggccgcttgtgc
gaaactaacatcaatgagtgtctcagccagccatgtaaaaacgggggcacttgtcaggac
agggagaactcctacatctgttcctgccccaaaggcacagcaggcttcaactgtgaggtg
aacctcgacgactgcaagagccagccttgcgactatgggaggtgcatcgacaagatcaat
ggttacgagtgtgcatgtgagccgggttacacaggcacaatgtgcaacatcaacatagac
gactgtgtcatcaacccctgtcacaatggtggcacatgcattgatggtgtcaacagcttc
acatgcatctgtcctgagggctaccatgatgccacctgtttgtcagaggttaatgagtgt
gccagcaacccctgcatccatgggcattgtcaggacctcattaatgactatatatgtacc
tgtgattctggatggagcggcaaaaactgcaatatcaacaataacgagtgcgagtccaac
ccctgcatgaatggaggaacatgcaaggatatgaccagcgggtaccactgcacatgcaga
gttggcttcaccggacctaattgccaaactaacatcaatgagtgtgcctccaatccctgc
ctcaaccagggaacctgcattgatgatgtggctggatacaagtgcaactgtttgctaccc
tatactggtgaaaactgtgagaccttgctggccccttgcagcccccgatcctgtaaaaat
ggaggaatgtgtaaagaggctgaagactatcagagcttctcttgcatctgccctgaagga
tggcaaggtcagacatgtgaaatagatatcaacgaatgtgtgaagaacccctgccgtaat
ggcgctgtgtgtctcaacaccatgggcagctttcagtgcaagtgccagcccggttacact
ggccaacgctgtgagaccaacatcgacgactgcaaaccgaatccatgcagtaatggaggt
ctgtgccgggatggtgtcaacacattcacgtgtacctgcctgcccgggtttcgtggcagc
aggtgtgagcatgacataaacgaatgtgagagcaacccctgtaaaaacggggctaattgc
accgactgcgtaaacagctacacctgcacctgccctccgggcttcagtggcatcaactgt
gagatcaacaccaatgactgcaccgacagctcgtgttttaatggtggcacctgtgtggat
gggattaacacctttacctgcctgtgtctaactggattcactggaagctactgtcaatac
gatatcgacgagtgtgactccaaaccatgcctcaatgggggcacctgtcttgatggttat
gggacctacaagtgcacctgtccacaaggctacacaggagtcaactgtcagagccttgtg
cgctggtgtgactcctctccttgtaaaaatggaggttcttgttggcagcagggagcttct
tacacctgccagtgtcagactggatggactggactctactgtgacatccccagtgtgtct
tgcgaagttgctgccaaacgacaaggtgttgaggtgtcacagctgtgtaggaactcaggc
caatgtctggatgctggaaacacacattactgccgctgccaggctggctatacagggagc
tactgccaggagcaggtggacgaatgctcgcctaatccttgccagaatggcgcaacctgt
aatgattatcttggaggttacagttgcgagtgtgtccctggttaccatggcatgaactgt
tcaaaagagatcaatgagtgtcagtctcaaccctgccagaatggagggacatgtatcgac
ctcataaacacctacaaatgctcctgtcctagaggaacacaaggagtccactgtgagatt
aatttggatgactgcaacccccccagcgatccgcttacaaatgagcccaagtgcttcaac
aacggaaagtgtgtagatcgcattggaggctatcagtgcttgtgcccaccgggttatgta
ggtgaacgctgcgagggtgatgtcaatgaatgcttgtctaacccttgtgaccccagaggg
tcatataattgcatccagctccccaatagctaccgatgtgaatgccgaaccggatataca
ggacaacgttgtgacaaggtgtttgatggctgcaagggaagaccctgcaggaacggagga
acatgtgctgttgccagtaacacactccatggttttatctgtaaatgtccaattggattt
acgggctcttcctgcgagtatgattctcgctcctgcggcagtctaaattgcaggaatggc
ggtacatgtgtgtctggcctcttgggcccacgctgcctttgtccctcaaccttcactggt
cctgagtgcctaacccccaccgacagcctctgcatctcaaacccctgctacaatggtgga
acctgccatatcaccccagacgctccatttttccaatgcagctgtcccagcaatttcaac
ggtctgctttgccatatactggactactccttcatcggggggtttggtcgagacatcacg
ccacctcccgaagtggaggtgagctgtgagattcctcagtgtgacgagtgggcgggtaac
cacatctgtgactccctgtgtaacaaccatgcctgtggctgggacggaggtgactgctcg
ctcaattttgacgatccctggcaaaactgttcggctgctctgcagtgctggcgatacttc
aacaatgggaagtgtgatggccaatgtaacagccctgggtgtctctatgatggctttgat
tgccaaggacaggaagggcagtgcaaccctctatatgatcagtactgtaaagaccactat
gcggatggtcactgcgaccagggctgcaacaacgcagaatgcgaatgggatggcctggat
tgtgccaacaacatgccagaaaagcttgcagatggacatctagtccttgttgtccatatt
cccccagagcagcttaagaaccgctcctcgtctttcctcagagagctgagcagtgttctc
cacactaatgtagtgttccgccgtgatgcaaaaggagagccaatggtctttccctactac
ggaaatgaacaggacctgatgaaacacaacgttctcaagcgctctgcagacggctggcct
gagtggacttcaatgcctgccaatgttttgggtcaggtgaaggagagtgtgtcctccgtg
atcaacaaacgcaaacggagagagttggatcctgtgcaagtcaaaggatcgattgtatat
ctggagattgacaatcgtcagtgttaccagcagtcttctgaatgcttccagagtgctacg
gatgtggctgcctttcttggtgcacttgccaccagtgggaacctcaatgttccctatatt
gaagctgtaacaagcgtgagaccgactgccccaaccgaagagttgtaccccctttattta
gcatttattggggtggctattttcgggttcataggcctgggtgttctagtatctcgaaag
cggcgtcgggagcatggtcagctctggtttccagagggatttaaagtatcggagccaagc
aaaaagaaacgcagggagcctttgggagaggattctgttggtctgaagccaatgaagaac
tctgacagcaaccttatggatgacaatcaaacggaatggggagatgatgatccagattgc
cggcacttcaagtttgaggaccaggcaatgttggatttgagtgatcacacagaccagagg
aaatggacccagcaacatctggatgcagctgacctgcggataacatccattgcccccaca
cctcctcagggagagattgagaatgactgcatggacgtcaatgtcagaggaccagatggt
tttacgccactgatgatagcctcctgcagcggtggaggactggacaatggtaacagtgaa
gaggaagaggatccatcagcagagataattactgacttcatttaccacggagccaaccta
cataaccagactgaccgcacgggtgagactgccctccacctggccgcccgttacgctcgc
tcggatgctgccaaacgcctgctggagtctagtgcagatgccaatgtacaggacaacatg
ggtcgcacaccgctgcatgctgctgttgctgcagatgcacagggagtgtttcagatttta
atccgaaatcgagccactgatcttgacgcccgaatgcatgatggaacaactcctctgatt
ctggctgcgcgattggctgtggagggaatggtggaagaacttatcaactgccatgctgat
gctaatgccactgatgattctgggaaatctgctttgcactgggccgctgctgtaaacaat
gtggaggctgctatggtgctgctgaaaaatggtgctaacaaagatatgcaggacaacaag
gaggagacaccactgtttcttgctgcccgtgaaggtagttatgagacagcaaaggttctt
ctagagcattttgccaaccgtgaaatcactgaccatcttgaccagctgccccgagatatc
gcccaggaacgcatgcatcacgacatagtccgactcctagatgaatataacgtggttcgg
agtcctgggctgcacagtgccccattaagcacctctaccctctcccctcctctctgctcc
cccaatgactatctaagcaatctcaagccgaccccctctgggaagaaggttcgaaagccg
agctctggaggaaagggagggaaggatggagggaaggatatcagggtaaagaagaagaag
ccaacggatggaaagaataacctgttagacacaactggggttctgtctcctgttgagtca
cttgagtcgcctcatggctatctgtctgatgtggcctctcctcctatgccgtcacctttc
cagcagtcgccacctatgtccttaaatcacctcctaggcaatggggactcccatgcaggc
cagattaatatgggtaaagatatgagctgcatgtcttttgatcccccccgcctcactcac
ctgcctgtgtcaagttcaagcagccaaggcacaacatctgtaggaggcagcagaggaggc
cagtgcgactggctcactaggatgcacccaggtgtgagccagcagggaagcttcacccaa
ggtccgcagatgtcacacaacatgatggggcccctgcatggcgtcagtacttccactttg
tcgcagatcatgggataccaaaatctgcccagcagccacttaggctccactgcgcacatg
atgcagcaaccgcgctcccggcagctgcagcaccagaactccaactccaccacggccggt
cagcccctgagtcagagctttcctaatgtggagctgaatggcgctgacatgcagccaaac
ggcagctccggccattcggttccaattcacaccgtattgccacaggaggctcagatgctt
ggcactcagtttcccactcccccttcacaacatagctatacaggacctatggacaacaca
cctagccaccagctacaggtgcctgaccacccgtttttaaccccttcccctggttctcct
gaccactggtccagctcatctccacattccaacttgtccgactggtcagagggcatctct
agcccaccaacaagtattcactcacagattaatctaattcctgaccagtttaaatag
DBGET
integrated database retrieval system
