KEGG   Helicobacter cetorum MIT 00-7128: HCW_08545
Entry
HCW_08545         CDS       T02032                                 
Name
(GenBank) bifunctional DNA-directed RNA polymerase subunit beta/beta'
  KO
K13797  DNA-directed RNA polymerase subunit beta-beta' [EC:2.7.7.6]
Organism
hce  Helicobacter cetorum MIT 00-7128
Pathway
hce03020  RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:hce00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09121 Transcription
   03020 RNA polymerase
    HCW_08545
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03021 Transcription machinery [BR:hce03021]
    HCW_08545
   03400 DNA repair and recombination proteins [BR:hce03400]
    HCW_08545
Enzymes [BR:hce01000]
 2. Transferases
  2.7  Transferring phosphorus-containing groups
   2.7.7  Nucleotidyltransferases
    2.7.7.6  DNA-directed RNA polymerase
     HCW_08545
Transcription machinery [BR:hce03021]
 Prokaryotic type
  Bacterial type
   RNA polymerase
    Core subunits
     HCW_08545
DNA repair and recombination proteins [BR:hce03400]
 Prokaryotic type
  SSBR (single strand breaks repair)
   NER (nucleotide excision repair)
    TCR (transcription coupled repair) factors
     DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
      HCW_08545
SSDB
Motif
Pfam: RNA_pol_Rpb2_6 RNA_pol_Rpb1_1 RNA_pol_Rpb1_5 RNA_pol_Rpb1_2 RNA_pol_Rpb2_2 RNA_pol_Rpb2_3 RNA_pol_Rpb1_3 RNA_pol_Rpb2_7 RNA_pol_Rpb2_45 RNA_pol_Rpb1_4 RNA_pol_Rpb2_1 RnfC_N
Other DBs
NCBI-ProteinID: AFI04964
UniProt: I0EPU5
LinkDB
Position
complement(1881497..1890172)
AA seq 2891 aa
MATKISLRNRLRADFTKTPTDLEVPNLLLLQRDSYDSFLYSKDGRESGIEKVFKSVFPIQ
DAQNRVTLEYAGCEFGKSKYTVREAMERGITYSVPLKIKVRLILWEKDAKTGEKAGVKDI
KEQSIFIREIPLMTDRTSFIINGVERVVVNQLHRSPGVIFKEEESSTSLNKLIYTGQIIP
DRGSWLYFEYDAKDVLYARINKRRKVPVTILFRAMDYQKQDIIKMFYPLVKVRYENDKYY
IPFESLDVSQRMEFDLKDSQGNILLLAGKKLTSRKIKELKENHLEWVEYPMDILLNRYLA
EPIMAGEEVLLDMLTQLDKNKLEKIHDLGVQEFVIINDLALGHDASIIHSFLADYESLRL
LKQTEKIDDENALAAIRIYKVMRPGEPVTTEVAKQFVKQLFFDPERYDLTMVGRMKMNHK
LGLHVPDYITTLTHEDIITTVKYLMKIKNNQGKIDDRDHLGNRRIRAVGELLANELHSGL
VKMQKTIKDKLTTMSGAFDSLMPHDLVNSKMITSTIMEFFMGGQLSQFMDQTNPLSEVTH
KRRLSALGEGGLVKDRVGFEARDVHPTHYGRICPIETPEGQNIGLINTLSTFTRVNDLGF
IEAPYKKVVDGKVVGETIYLTAIQEDSHVIAPASTPIDEEGNILGDLIETRVEGEIVLNE
KSKVTLMDLSSSMLVGVAASLIPFLEHDDANRALMGTNMQRQAVPLLRSDAPIVGTGIEK
IIARDSWGAIKASRAGIVEKIDAKNIYILGEGKEEAYIDAYSLQKNLRTNQNTSFNQVPI
VRVGDRVEAGQIIADGPSMDRGELALGKNVRVAFMPWNGYNFEDAIVVSERITKDDVFTS
THIYEKEVDARELKHGVEEFTADIPDVKEEEVAHLDESGIVKVGTYVSAGMILVGKTSPK
GEIKSTPEERLLRAIFGDKAGHVVNKSLYCPPSLEGTVIDVKVFTKKGYEKDARVLSAYE
EEKSKLDMEHFDRLTMLNREELLRISSLLSQAILEEPFSHNGRDYKEGEQVPKEEIASIN
RFTLASLVKKYSKEVQNQYEVTKNNFLEQKKVLGEEHEEKLSILEKDDILPNGVIKKVKL
YIATKRKLKVGDKMAGRHGNKGIVSNIVPIADMPYTADGEPVDIVLNPLGVPSRMNIGQI
LEMHLGLVGKEFGKQIACMLENKTQDFVKELRAKMLEIANVVNEKDPLTIKTLESCSDEE
LLEYARDWSKGVKLAIPVFEGISQEKFHKLFELAKIAMDGKMDLYDGRTGEKMRERVNVG
YMYMLKLHHLVDEKVHARSTGPYSLVTHQPVGGKALFGGQRFGEMEVWALEAYGAAHTLK
EMLTIKSDDIKGRENAYRAIARGEQVGESEIPETFYVLTKELQSLALDINIFGDDVDEDG
APKAIVIKEDDRPKDFSSFQLTLASPEKIYSWSYGEVKKPETINYRTLKPERDGLFCMKI
FGPTKDYECLCGKYKKPRFKDIGTCEKCGVAITHSKVRRFRMGHIELATPVAHIWYVNSL
PSRIGTLLGVKMKDLERVLYYEAYIVKEPGEAAYDNEGTKLVAKYDILNEEQYQNISRRY
EDKGFVAQMGGEAIKDLLEEMDLMVLLQDLKEEVKETNSDARKKKLIKRLKVVESFLNSG
NRPEWMMLTVLPVLPPDLRPLVALDGGKFAVSDVNELYRRVINRNQRLKRLMELGAPEII
VRNEKRMLQEAVDALFDNGRNNNAVKGANKRPLKSLSEIIKGKQGRFRQNLLGKRVDFSG
RSVIVVGPNLKMDECGLPKNMALELFKPHLLSKLEERGYATTLKQAKRMIEQKSNEVWEC
LQEITEGYPILLNRAPTLHKQSIQAFHPKLIDGKAIQLHPLVCSAFNADFDGDQMAVHVP
LSQEAIAECKVLMLSSMNILLPASGKAVAIPSQDMVLGLYYLSLEKSGVKGEHKLFSSVN
EIITAIDTKELDIHAKVRVLDKGRIISTSAGRMILKSVLPDFIPTDLWNRPMKKKDIGVL
VDYVHKVGGIGITATFLDNLKMLGFRYATKAGISISMDDIITPKDKQEMVEKAKAEVKKI
QQQYDQGLLTDQERYNKIIDTWTEVNDKMSKEMMAAIEQDKEGFNSIYMMADSGARGSAA
QIRQLSAMRGLMTKPDGTIIETPIISNFKEGLNVLEYFNSTHGARKGLADTALKTANAGY
LTRKLIDVSQNVKVVADDCGTHEGVEITDITVGSEMIEPLEERIFGRVLLEDVIDPITNE
ILLYADTLIDEEGAKKVVEAGIKAITIRTPITCKAPKGVCAKCYGLNLGEGKMSYPGEAV
GVVAAQSIGEPGTQLTLRTFHVGGTASRSQDEREVVANKEGFVRFYNLKTYTNKEGKNIV
VNRRNASILVVEPKIKAPFDGELHIETVYEEVIMSVKNKDQEAKFVLRRSDIVKPSELAG
VGGKIEGKVYLPYTNGHKVKHGGSIADIIKEGWNVPNRIPYASELLVKDNDPIAQNIRAK
EKGTIKYYVLEANHLERTQGIKKGHIVSEKGLFAVVADENNREATRHYIARGSEILISDD
SEVSPDSIISKPTTDALSTIATWDPYNTPIIADFKGHVKFVDIIPGVTVAEKEDENTGVT
SLVVNDYIPSGYKPSLLLEGDSGEDVRYFLEPKTSIAVAEGAYVEQAEVLAKIPKATVKS
KDITGGLPRVSELFEARKPKPKDVAILSEIDGIVSFGKPVRNKERIIVTSKDGRSMEYFV
DKGKQILVHAEEFVHAGEAMTDGVISSHDILRISGEKELHKYIVSEVQQVYRRQGVSIAD
KHIEIIVSQMLRQVRILDSGDSKFIEGDLISKKLFKEENARVQLLGGEPAIAEPVLLGIT
RAAIGSDSIISAASFQETTKVLTEASIAMKKDFLEDLKENVVLGRMIPVGTGLYKNKKVV
VKVHESSPKEA
NT seq 8676 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atggcaacaaaaatttcccttagaaaccgcctaagagctgattttacaaaaacccccact
gatttagaagttcctaatctattgttattgcaacgcgatagttatgattcgttcttatat
tcaaaagacggcagagagagtgggattgaaaaggtttttaaatcggtttttcctattcaa
gacgcgcaaaatcgtgttactttggaatatgctggttgtgaatttggtaagtctaaatat
accgtaagagaggcgatggaaagaggcattacttattctgtgccactaaaaattaaggtg
cgccttatcttatgggaaaaagacgctaaaacaggtgaaaaagctggcgtaaaagatatt
aaagagcaaagtatctttattcgtgaaattcctttgatgacagaccgcacttcattcatt
atcaatggggtagagcgtgtggtagtcaatcaacttcatagaagtcctggtgttattttt
aaagaagaagaatctagcacttctttaaataaattgatttatacagggcaaattattcca
gatagaggttcttggctctattttgaatatgatgcaaaagatgttttatatgctcgtatt
aataagcgtcgtaaagtgcctgttactattctttttagagctatggactatcaaaagcaa
gacattatcaagatgttctatccgcttgtaaaagtgcgttatgaaaatgataaatattat
attccttttgaatcacttgatgtgagtcaaagaatggaatttgatttaaaagattctcaa
ggaaatattcttcttttagcaggtaaaaaacttacttcaagaaaaatcaaagaacttaaa
gagaatcatttagaatgggttgaataccctatggacattttacttaatcgttatttagct
gagcctattatggcaggagaagaagtcttgttagatatgctcacccagctggataagaat
aagttagaaaaaatccacgatttaggcgtgcaagagtttgtgattatcaatgatttggct
ctagggcatgatgcctcaatcattcattctttcttggctgattatgagtctttgagatta
ctcaagcaaactgaaaaaattgatgatgaaaacgcactggcagctattcgtatttataag
gttatgcgaccgggtgagcctgttacgactgaagtggctaagcagtttgtcaagcaactc
ttctttgacccagagcgttatgatttgacaatggtaggtcgtatgaagatgaaccataaa
ttaggcttgcatgtgcctgattatattacgactttaacacatgaagatatcattactacc
gttaaatatcttatgaagattaaaaataatcagggtaaaattgatgatagagaccactta
ggcaatcgtaggattagagcggtgggtgagctattggcaaacgaattgcattcaggctta
gtgaaaatgcaaaagaccattaaagacaagcttactaccatgagcggagcctttgattcg
cttatgccccatgatttagtcaattctaaaatgattactagcaccattatggaatttttc
atgggtggtcagctttcacaatttatggaccaaactaaccccttgagtgaagttacgcac
aaacgccgcctttcagcactgggtgaaggcggattagttaaagatagagtagggtttgaa
gctagagatgtgcatcctacacattatggtagaatttgtcctattgagactccagaaggt
caaaatatcggtttgattaacaccctttcaactttcacaagagtgaatgatttaggcttt
attgaagccccttataagaaggttgtagatggcaaggtagtaggcgagactatctatttg
accgctattcaagaagacagccatgtgattgccccagcaagtacccccattgatgaagaa
ggtaatattttaggcgatttgattgagactcgtgtggaaggcgagattgttctcaacgaa
aagagtaaggttaccttgatggatttaagctctagcatgcttgtaggcgtagccgcatca
cttattcctttcttagagcatgatgatgcgaaccgtgctttaatgggaacaaacatgcaa
cgccaagcagtgccattattaagaagtgatgctcccattgtaggaacagggattgaaaag
attatcgctagggattcttggggagcgattaaagcaagtcgtgcgggtatagtagaaaaa
attgatgctaaaaatatctatattttaggcgaaggtaaagaagaagcttatattgatgca
tattctttacaaaaaaacttacgcaccaaccaaaatacgagctttaatcaagtgcctatt
gttagagtgggcgatagagtggaagcagggcaaatcatcgctgatggtcctagtatggat
aggggcgaattagcattaggaaaaaatgtgcgtgtagcgtttatgccttggaatggctat
aactttgaagatgcgattgtggtgagtgaacgcattactaaagatgatgttttcacttcc
acacacatttatgaaaaagaagttgatgccagagagcttaagcatggcgtggaagaattt
acagcagatattcctgatgtgaaagaagaagaagtcgctcatcttgatgaaagcgggatt
gttaaagtaggcacttatgtgagtgcgggcatgattttagtgggtaagacttcgcctaag
ggtgagattaaaagcactccagaagagcggcttttaagagcgatttttggggataaagct
gggcatgtggtcaataagagcttgtattgccccccaagtttagaaggcacggttattgat
gtaaaagtgtttactaaaaaaggctatgagaaagatgcacgagtcttaagtgcgtatgaa
gaggaaaagtctaagcttgatatggagcattttgaccgcttgaccatgcttaatagagaa
gagctactgcgtattagttcgcttctttcacaagcgattttagaagagccattcagtcat
aatggtagagactataaagaaggcgagcaagttcctaaagaagaaatcgcttctattaat
cgcttcactttagcaagtttggtgaaaaagtattctaaagaagtgcaaaatcagtatgaa
gtaaccaaaaacaatttcttagagcaaaagaaagttcttggcgaagagcatgaagaaaag
ctttctattttagaaaaagatgatattttgcctaatggtgtgattaagaaagtcaagctc
tatattgctaccaagcgtaagcttaaagtgggcgataaaatggcaggaagacatggaaat
aaggggattgtgtctaatatcgtgcctattgctgatatgccttataccgctgatggagag
cctgtagatattgtgctaaatcctttaggtgttcccagtcgtatgaatatcggacagatt
ttagaaatgcacttaggcttagtgggtaaagagtttggaaagcaaatcgcttgcatgcta
gaaaataaaactcaggattttgttaaagaattgcgtgcaaaaatgttagaaattgctaat
gtcgtcaatgaaaaagaccccttaacgattaaaactcttgaaagttgttctgatgaagag
cttttagaatatgctagagactggagcaagggtgttaagcttgctattcctgtgtttgaa
ggtatctcgcaagaaaaattccacaagctatttgagttagccaagattgcaatggatggc
aaaatggatttgtatgacgggcgcacaggcgagaagatgagagagcgtgtgaatgtgggc
tatatgtatatgcttaagctccaccacttggttgatgaaaaagtccatgctagaagcaca
ggaccttatagcttggtaacgcaccaacctgttggtggtaaagcactctttgggggtcaa
agatttggtgaaatggaagtgtgggctttagaggcttatggtgcggctcatactctaaaa
gaaatgcttaccattaaatctgatgatattaagggtagagaaaacgcttatagagctatt
gctaggggcgagcaagtaggcgagagtgaaattcctgagactttctatgtattgacaaaa
gaattacaatcactcgctttagatatcaatatctttggagatgatgttgatgaagatgga
gcacctaaagccattgtgattaaagaagatgataggcctaaagactttagttctttccaa
cttactttagcaagtcctgaaaaaatctattcttggagttatggggaagttaaaaagcca
gagactatcaattatcgcaccctaaaacctgagcgtgatggcttgttttgtatgaaaatc
tttggtcctaccaaagattatgagtgtttgtgtggtaaatataaaaagccccgctttaaa
gatattggcacatgtgagaaatgtggtgtggctattacgcattcaaaagtaagacgcttt
agaatggggcatattgaattagcaactcctgtagcacatatttggtatgtcaattcttta
cccagtcgtatcggcacgcttttaggcgttaaaatgaaagatttagagcgtgtgctttac
tatgaagcttatattgttaaagagccaggtgaagccgcttatgataacgaaggcactaaa
cttgtagcgaagtatgatattttgaatgaagagcaatatcaaaatatctcacgaagatat
gaagataagggctttgtggctcaaatgggtggcgaggcaattaaagatttgctagaagaa
atggatttaatggtcttgttgcaagatttgaaagaagaagttaaagagactaattctgat
gctagaaagaaaaaacttatcaagcgtttgaaagtagtagaaagtttcttaaattctggt
aatagacctgaatggatgatgctaaccgttttacccgtattgccaccagatttaagacct
ttggttgcgctagatggcggaaagtttgcggtgagtgatgtgaacgaattgtatcgtcgt
gttatcaatcgtaaccaacgcttaaaacgcttaatggaattaggtgctccagaaattatt
gtgcgtaacgaaaagagaatgctacaagaagctgtagatgctctctttgataatggacgc
aacaataatgcggttaaaggagctaataagcgaccattaaaatcgcttagcgagattatt
aaaggtaagcaagggcgtttcagacaaaatctacttggtaagcgtgtagacttctcaggc
agaagtgttattgtagtagggcctaatctcaaaatggatgagtgcggattacctaaaaat
atggcattagaactctttaaaccacatttgctatctaagcttgaagagagaggttatgct
actacgcttaaacaagctaaacgcatgattgagcaaaagagcaatgaagtgtgggaatgc
ttacaagaaattacagagggttatccgatactattaaatcgtgcgcctactttgcataag
caatctattcaagcgttccatccaaagcttattgatggtaaagccattcagttacacccg
cttgtgtgttcagcgtttaatgcagactttgacggagaccaaatggcagtgcatgtgcct
ttaagtcaagaggctattgctgaatgtaaggtgcttatgttaagttctatgaatattctt
ttgccagctagtggtaaggcggtagctattcctagccaagatatggttttagggctttat
tatctttcattagaaaagagtggggtaaaaggcgagcataagctattctctagcgtgaat
gagattatcacagctattgataccaaagaattagatatccatgccaaggtaagagtgcta
gataaggggcgcattatctctacaagtgcagggcgcatgattttaaaatcagtgttgcct
gattttattcctactgatttgtggaatagacccatgaagaaaaaagatattggtgtgctt
gtagattatgtgcataaagtcggcggtattggaattacagccacattcttggacaattta
aaaatgttaggctttagatatgcaactaaggctggtatctctatttctatggatgatatt
atcactccaaaagataagcaagaaatggtagagaaagctaaagctgaagtaaagaaaatc
cagcaacaatacgaccaaggattactcactgaccaagagcgttacaacaaaatcattgat
acttggactgaagtcaatgacaaaatgagtaaagaaatgatggcggccattgagcaagat
aaagagggctttaactctatttatatgatggcagatagtggggcaagaggaagtgcggct
caaattcgccagctttcagctatgcgtggtttgatgactaaacctgatggcacgattatt
gaaacgcctattatttctaactttaaagagggcttgaatgttttagagtattttaactct
actcatggtgctagaaagggcttggcggatacggcgttaaaaacagcaaatgcggggtat
ttaactagaaagctcattgatgtttcgcaaaatgttaaggtggtagctgatgattgtggc
acacatgaaggtgttgaaatcactgatattactgtgggtagtgaaatgattgagccttta
gaagagcgtatttttgggcgtgttttactagaagatgtgattgacccaattactaatgaa
atcttgctttatgcagacaccttgattgatgaagagggggctaaaaaggtcgttgaagca
ggaatcaaggcaattactattcgcactccaatcacttgtaaagcgccaaaaggtgtgtgt
gcgaagtgctatggcttgaacttgggtgaaggcaagatgagctatccgggtgaagctgta
ggtgtggtagctgcacaatctattggagagcccggaactcaattaactctaaggactttc
cacgtgggtggaacagcaagtaggagtcaagatgagcgtgaagtagtagccaataaagaa
ggttttgtgcgtttctataatctcaaaacttacaccaataaagagggtaagaatattgtt
gtaaatcgccgtaacgcctctattttggttgttgagccaaaaatcaaggctccttttgat
ggtgaattacacattgaaacagtgtatgaagaagtcattatgagcgttaagaacaaagac
caagaggctaaatttgtcttaagaagaagtgatattgttaaaccaagcgaacttgctgga
gttggtggtaagattgaaggtaaggtgtatttgccttatacaaatggacataaagtaaag
catgggggaagtattgcggatatcattaaagagggttggaatgtgcctaatcgtatccct
tatgcgagtgaattattggttaaagataatgaccctatcgcacaaaatattcgtgccaaa
gaaaaaggcactattaagtattatgttttagaggctaaccacttagaacgcactcaagga
atcaaaaagggtcatattgttagtgaaaagggcttgtttgcggtagtagctgatgaaaat
aatagggaggcaactcgccactatattgctagaggctctgagattttaattagtgatgat
agtgaagtaagtccagatagtattatttctaagcctactacagatgctttaagcactatt
gctacatgggatccttataatacacctatcattgctgactttaagggtcatgtaaagttt
gtggatattattccgggcgttacagttgctgaaaaagaagacgaaaataccggtgtaaca
agcttagtggtaaatgactatattcctagtggttataaaccaagcttgttgttagaggga
gatagtggcgaagatgtgcgctatttcttagagccaaagacctctattgcagtagctgag
ggggcttatgtagagcaggctgaagttttagctaagattcctaaagcaaccgttaagtct
aaggatattaccggtggtcttccaagagtttctgagctctttgaggcaagaaaacctaag
cccaaagatgttgcaatcctatctgagattgatggaattgtaagctttggcaagccggtt
cgcaacaaagaacgcattattgtaacctctaaagatgggcgtagcatggaatactttgtg
gataaaggcaaacagattttagtgcatgctgaagagtttgtccatgctggggaggctatg
acagatggtgtgatttcaagccatgatattttaagaattagtggcgagaaagaattgcat
aaatatatcgtaagcgaagtgcaacaagtgtatcgccgacaaggggtgagtatcgctgat
aagcatattgaaattatcgtatctcaaatgttaagacaagtgcgcattttggatagtgga
gatagcaagtttattgagggtgatttaatcagtaagaaactctttaaagaagagaatgct
cgtgttcagcttttaggtggtgagccagcgattgctgaaccggtgcttttagggattact
agagcagctattggaagtgatagtattatttcagctgcatctttccaagagacaacaaag
gtcttaactgaggcaagtattgctatgaagaaagacttcttagaagatttgaaagaaaat
gttgttttaggaagaatgattcctgtaggaaccggactttataaaaataaaaaagtcgtg
gttaaagtgcatgaaagtagccctaaagaggcttaa

DBGET integrated database retrieval system