Mercenaria mercenaria (northern quahog): 123554756
Help
Entry
123554756 CDS
T07835
Name
(RefSeq) neurogenic locus notch homolog protein 1-like isoform X1
KO
K02599
Notch 1
Organism
mmer
Mercenaria mercenaria (northern quahog)
Pathway
mmer04330
Notch signaling pathway
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
mmer00001
]
09130 Environmental Information Processing
09132 Signal transduction
04330 Notch signaling pathway
123554756
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
EGF
hEGF
Ank_2
Ank
EGF_CA
EGF_2
Ank_4
Notch
Ank_3
Ank_5
EGF_3
NOD
NODP
C8A_B_C6_EGF-like
JAG1-like_EGF2
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
123554756
NCBI-ProteinID:
XP_053381251
EnsemblRapid:
LOC123554756
LinkDB
All DBs
Position
15:complement(53114161..53262972)
Genome browser
AA seq
2495 aa
AA seq
DB search
MKNPLWIYVPVLIISIRTSKGIPSCDPNPCLNGAACESMANGLHQCRCGTEYIGEYCQKV
NPCLQTMCKNNATCQVNTRGNNQYTAECICQPGFAGSQCEYINPASVCYNPPCKNGGTCI
NSNSQDLSVYRCDCKSGFMGMHCETIDYCVNQPCSNGATCMSHSTGYTCTCKFGFTGDTC
KDDIDECEANPNLCQNGGSCKNQYGSYFCNCPVEYRGQLCEHRYVPCDPDPCQNNGMCKI
TGATTYQCTCPSGFRGMNCEVNIDNCKGNNCTNGSTCIDGINSYKCQCPPTHTGTHCEYD
VDECEKHSDICLNGGTCRNLPGEYLCVCVNGWTGAHCEINIDDCKDNPCFNGGTCRDRVG
YYYCDCPLGKTGLRCHLDDACISAPCKGNGSLCETSPVEGKPICTCGNGWTGWDCGTDIN
ECLAEYDFQLCAHGGTCVNLPGSFECACRGGFTGRRCEENIKECMSNPCRNSGTCLDDID
KFLCVCMPGYKGIFCEQEIDECASDPCQNSGLCQDMVNHYKCECLPGFHGSQCEYEINQC
EGVPCANGATCKNLRDSYECECVHGWTGKYCETNINECKDVTCGHGVCIDQLGNYMCKCD
GGYTGPKCDTEINECETSPCQNGGTCTDFVNGYECRCLRGTFGTNCEYNKNDCNSNPCRN
GAICEDHIDAYTCRCRAGFTGTHCAVNIDECASDPCANGGTCIDKENGFICHCPDGYYGD
FCLSNNNECASKPCVRGACKDGVNSYTCVCEFGFEGQNCDRQINYCKNNPCQHSGTCVNN
LGYYKCQCAPGYTGTNCNINVNECSSNPCIYGSCRDLVNDYICMCDMQYTGRNCDTKLDP
CTPNRCQNNAKCVPQGNYTDYFCNCSGYGFQGRHCEIDVNECAQCLYGGSCPCRHGQCEN
THGSYRCRCEHGYEGHQCENDINDCFPNHCQNGGTCRDKIGGYTCGCPRGFNGSHCEYDI
DECLSQPCRNGAQCKDYVDSYTCTCLPGFSGVNCAHNDNDCTNSSCLNGGTCIDRVNSYH
CKCQPGYKGDNCEIRINPCEENQCMNGATCINRQNGQHYCQCPIGFQGPMCEGFVDYCST
GICLNGGTCSQVANNYRCDCKPDYTGKVCDVRMVTCAVAAQLRNTTVSDLCKNGGTCHNE
AGTHRCVCSDGYHGSYCEVRNNYCLSVPCQNGAQCQNLGSDYRCNCSNGFMGRDCEVNIN
DCAQHPCANGGKCHDLVGKFICSCPPGTSGYLCDINHDDCYAGACHHGGKCVDRVGGFEC
ECPPGYVGQRCEGDVNECLSNPCNPLGMLSCEQLLNDYKCHCKPGFTGRHCMTRINFCEA
DPCKNYGLCMNGETGPTCKCPKGYTGDFCENIATLCDKVVCHNGGNCEVIGNTFRCNCPY
GWAGTTCNENIDECASNPCQNGGQCIDNKGYYECLCPRYYTGVHCEFMDLAVTAGIGKPT
KVTPTRPSIPPECIANNCEGKAADGKCDPECNIPTCDYDGYDCTVESRPWKNCDKPRDGV
LCFNVFNDSKCDPQCDTEECLYDGFDCVRSLGACNPHYDTYCSLVYANGECNPGCDTAAC
NWDGLDCNHEEEKLALGSLVIVVGVIPGQFFNMSNEFLRKLGNLLRAVLYIRVDDNGKDM
VYPWYRDGNNGNKLNQRSRRSLLTEESSTVHTTPRGQIPDGTIVHLLIDIQPCLMDGFHE
CFDSSQSAAEFVVAAIQNGWNPPLPIIDASSKGTKVEDPPVGTTPTLMYVFVALGMVMIL
TLVIVIVIGRKRARGITWFPEGFFSRGSDAGATARSSKRHGPDGGEEMKHIGKGSMDKVD
SNDNNTLDDWDMHHPAKRIKIEQSGESTTDPCDTRQWTTQHLEAANVPRTTEHMESTIPN
NSSIMALTPPTGEEMDSKDVDVRGPDGFTPLMLASIRGVGLDTGDNESSGSGTTTSGDSE
ESSENSPEIIRSLLMQGAAINAQTDRTGETSLHLAARYARADAAKALLDAGADPNNQDAG
GRTPLHTAVASDAQGVFQILLRNRSTNLNARTHDGTTPMILAARLAIEGMVEELINAEAD
INAMDEYGKTALHWAAAVNNTEATLVLLQHGANRDAQDQKDETPLFLAAKEGSYETSKIL
LDHYANREITDQMDRLPRDIAAERMHHDILSLLDEYRVTSPTALQLHNGLPTSPNGLHAF
MHPHKNKSKQRRNKNNGQHNKDHLTYSPEGHKSTTKKGRSKKQKARNSHTQGSESSPGVE
SPPCDMTPPTYDNVCGSMMGMGMRSQMNGIDEVSVSCAQITNRMDDHCVMSNHYKNDSVM
EQHHRNMEMMSNDWIQNQQQHPMSQSPLATSSIPTPPSSNPSHNSPLSIDGKLSPMKGKM
LPTSPPHYLAMQNQAQRNRPQKSPHHYHIDNFPFDQQQQNPMDNSHHNMQPYTIMYDNHH
RQKVSTPMQIQHVPQYPTPPSQHSYLGSDATPPQGLTALPENILTPSPDSPGHWSSSSPH
SAHSDWSEGISSPVPPIGQQPMKGRNTISSDAVFI
NT seq
7488 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaagaaccccttgtggatttatgttccagttcttataattagcatcagaacatcaaaa
ggaataccatcatgtgaccctaatccctgtctaaatggagctgcctgtgagtcaatggca
aatggtttacatcagtgcagatgtggtacagagtatataggggaatactgccagaaagtg
aacccatgtctacagactatgtgtaaaaacaatgctacatgtcaagttaatacacgtggc
aacaatcagtacacagcagagtgtatatgtcaaccaggctttgctggaagtcagtgtgaa
tatataaatcccgccagtgtgtgttacaatcctccttgcaaaaatggcgggacatgtatc
aatagtaactcgcaagatctgtcagtctacaggtgtgactgtaaatcaggctttatggga
atgcactgtgagacaatcgactactgcgtgaaccagccatgtagtaatggtgccacctgt
atgtcacacagcactgggtacacatgtacatgcaagtttggatttacaggtgatacgtgt
aaggatgatatagatgagtgtgaagccaaccctaacttgtgtcagaatggtggatcttgc
aaaaatcagtatggatcgtacttttgtaattgcccagtagaatatcgaggtcagttgtgt
gagcaccgatatgttccatgtgacccggacccctgccagaacaacggcatgtgtaaaatc
accggtgcaacaacctaccagtgtacatgtccatcagggtttcgaggtatgaactgtgag
gtgaacattgataactgtaaaggaaataactgtaccaatggttccacttgcattgacggt
atcaactcgtacaagtgccagtgtccaccaacacataccggtacacattgcgaatacgat
gtagacgagtgtgagaaacattctgatatatgtttgaatggtggaacttgccgtaatcta
cctggcgagtacctgtgcgtgtgtgtgaatggctggacaggagcacattgtgagattaac
attgatgactgcaaggataatccatgctttaatggtggaacatgcagagatagagttggc
tactattactgcgattgtcctttaggaaagacaggtctacgttgtcatctcgacgatgca
tgtatcagtgctccatgtaaaggtaacggttcattatgtgagacctcaccagttgaaggc
aaaccaatctgtacctgtggtaacggctggactggctgggactgtggtaccgatataaat
gaatgtttggcagaatacgattttcaactttgtgctcatggtggaacatgtgttaatttg
cctggatcgtttgaatgtgcatgtcggggtgggttcacagggagacgttgtgaggaaaat
atcaaagaatgtatgtcaaacccatgtcggaactctggtacctgtctcgacgatattgac
aagttcctatgtgtttgtatgccaggttacaagggtatattttgtgagcaggaaattgat
gaatgtgcaagcgacccatgtcagaactcgggtctctgtcaagacatggtcaaccattat
aaatgtgagtgtctaccaggcttccacggcagtcagtgcgagtatgagatcaaccagtgc
gagggagttccctgtgcaaatggtgccacatgtaaaaatttgcgagacagttatgaatgc
gaatgtgtacatggatggacaggaaaatattgtgaaacgaacattaatgaatgtaaggat
gttacctgtggacatggtgtctgtattgatcagttaggtaactacatgtgtaaatgtgat
ggtgggtacactgggcccaagtgtgatacagaaataaatgagtgtgaaacaagtccatgc
cagaatggaggaacatgtaccgacttcgtcaatgggtatgaatgtcggtgtctccgtggt
acctttggaacaaactgcgagtacaacaaaaatgactgtaacagtaatccttgtaggaac
ggagctatctgtgaagatcacattgatgcttatacatgccgatgcagggctggatttaca
ggcacccattgtgctgtgaacattgatgagtgtgcctcagatccttgtgccaatggagga
acctgtattgacaaggagaacggctttatttgtcactgtccggatggttactatggagat
ttctgccttagcaacaataatgaatgtgcaagtaagccttgtgttagaggcgcctgcaaa
gatggggttaactcctatacatgcgtttgtgaatttggatttgaggggcaaaattgcgac
agacaaatcaactattgtaaaaataacccatgccagcattcgggcacctgtgtcaataat
cttgggtactacaaatgccagtgtgcaccaggatacacaggaactaactgtaacattaat
gttaacgaatgtagcagtaacccatgtatatacggttcatgtcgtgacctcgtcaatgat
tacatctgtatgtgtgacatgcagtacaccggcaggaattgtgacacaaagctcgaccca
tgcacacccaacaggtgtcagaacaatgccaaatgtgtgccccaggggaactatactgat
tatttctgtaattgctcaggatacggattccaaggtcgtcactgtgagattgatgtcaat
gagtgtgcccagtgtctgtatgggggctcgtgcccatgcagacacggtcagtgtgaaaac
acacatggttcctacagatgtaggtgtgaacatggttacgagggacatcaatgtgaaaat
gacatcaatgattgcttcccaaaccattgtcagaacggtggaacctgtcgggataaaata
ggtggttacacatgtggatgtccacgtggtttcaatggttcacactgtgaatacgatata
gatgagtgtttgtcacagccgtgtaggaacggagcacagtgtaaagattatgttgactcc
tatacatgtacatgtctgccaggatttagcggcgtcaactgtgcacacaatgacaatgat
tgcactaacagctcttgtctgaatggcggtacctgtattgatcgtgtaaattcgtaccac
tgcaagtgtcaacccggttacaagggggacaactgtgaaattcgtattaacccatgtgaa
gagaatcaatgtatgaatggtgctacatgtatcaatagacaaaatggacagcattactgc
cagtgcccaattggatttcagggaccgatgtgtgagggttttgttgattactgcagtacg
gggatttgtttgaatggtggaacatgttctcaggttgctaataactaccgttgtgactgt
aagccagattacacgggaaaagtatgtgatgtaaggatggtcacatgtgctgtggcagct
cagctgagaaatacaacagtgtccgatctatgtaagaatggcggaacgtgtcataatgag
gccggaactcaccgttgtgtctgcagcgatggttaccatggtagttactgtgaagttcgt
aataactattgcctatctgtgccctgtcagaatggagctcagtgtcagaacctaggcagt
gattacagatgtaactgcagcaatgggtttatgggacgtgattgtgaagtgaacatcaat
gattgtgcccagcatccatgtgccaatggcggcaaatgtcatgatttggttggaaaattt
atatgctcttgtccaccagggacgtctggttatctgtgtgatataaatcatgatgattgt
tacgctggtgcgtgtcatcacggcgggaaatgtgttgacagggttggcgggtttgaatgc
gagtgtccgccaggttatgtaggtcagcgttgtgaaggagacgtgaatgagtgtctgtct
aacccttgtaatccacttggtatgctcagttgtgaacaactactcaatgattataaatgt
cattgcaagccaggatttacaggacgccattgtatgacacgtataaacttctgtgaggca
gatccatgtaagaattatggtctgtgtatgaatggagaaacaggaccgacatgtaaatgt
cccaagggttacacgggtgatttctgtgagaatattgccactctatgcgacaaggttgta
tgtcacaatggagggaattgtgaggtgattggcaacacatttagatgcaactgtccgtac
ggatgggcaggaaccacttgtaacgaaaatattgacgagtgtgcctcaaacccctgccaa
aatggtggccagtgtattgataacaaaggttattatgagtgtttgtgtccacgctattac
acgggtgtacactgtgagttcatggaccttgctgttactgctggaataggtaaacctacc
aaggtgacccctacacgaccatctattcctccagaatgtattgcaaacaactgtgagggt
aaagctgccgatggaaaatgtgatcctgaatgtaacataccaacctgtgactatgacggc
tatgattgtacagttgaatcacgaccctggaagaactgtgacaaacctcgagatggagtt
ctttgctttaacgtgttcaatgacagtaaatgtgacccacagtgtgatactgaagaatgt
ttgtatgatgggtttgactgtgtacgttcacttggagcatgtaatccacactacgatact
tactgtagtcttgtgtatgctaatggagaatgtaaccctggatgtgataccgctgcgtgt
aactgggatggtctcgattgtaatcatgaggaggagaaactggctctcggaagtcttgtt
atagttgtaggtgtaatccctggacagttcttcaatatgtcaaatgagttcctacgaaaa
cttggtaatcttcttagggcagttttatacattagggtagatgacaatggaaaagatatg
gtctacccttggtatagagatggaaacaatggaaacaaattaaatcagagaagtcgacga
tcactgcttactgaggaatcttccacagttcatacaacaccaaggggacagatacctgat
gggaccatagtgcatttacttatagacattcagccttgcctcatggacggcttccatgag
tgttttgacagcagtcagtcggcggccgagtttgttgtggcagcgatacagaatggatgg
aatccaccacttccaatcatagacgcatcatcaaaaggcacgaaggtagaggatcctcct
gttggtactacaccaaccctcatgtatgtatttgttgccctcggaatggtgatgatcctc
acattggttattgttattgtgattggacgcaaacgtgcgaggggtattacctggttccct
gagggtttcttcagccgtggaagtgatgctggcgccacagcaagatcttcaaaacgacat
gggccagacggcggggaggaaatgaaacatattggcaagggctctatggataaagttgac
agtaacgacaataataccttagatgattgggacatgcatcatccagcaaaaagaatcaag
attgagcaaagtggagagtcaactactgacccatgtgataccagacagtggacaactcaa
catctagaagcagctaatgtgccaagaactacagaacacatggagtcaacaatacccaat
aactcttccataatggcccttaccccacccactggggaagaaatggactcgaaagatgtg
gatgtgagaggtccagatggattcacacctctgatgctggcttcaattcgaggagtaggg
cttgatacaggtgataatgagagtagtggttctggaaccacgacgtctggtgacagtgag
gaatctagtgaaaattctccagaaattatacgtagtttgttaatgcagggagcagcaatc
aacgcccagacagatagaaccggggaaacatctctccacctggcagcacgttatgcacgt
gctgatgccgctaaagccttacttgatgctggagcggatcctaataaccaagatgcaggg
ggaagaactcctttacatacagctgtagcttcagatgctcaaggtgttttccagattttg
ctgaggaatcgttctaccaatctgaatgcaagaacacatgatggaactaccccaatgatt
cttgctgcccgccttgctatagaaggtatggtagaggaattgataaatgcagaggcagat
ataaatgccatggatgaatacggcaaaacagcattgcactgggcagcagctgtaaacaac
acggaagcaactcttgtgctgttacaacacggagccaatagagatgctcaggaccaaaag
gatgagactccattgtttcttgctgctaaagaaggaagttatgaaacttctaagattttg
ttggaccactatgctaatcgtgaaatcacagaccagatggatcgtctacctcgagacatt
gctgcagaacgcatgcaccacgatattctaagcttgttggatgagtatcgtgtgacttca
ccaacagctttacagttacataatggacttcccacatctccaaatggacttcatgctttt
atgcatccacataaaaataagagtaagcaaaggagaaataaaaataatggacaacataat
aaggaccatttaacttactctccagagggacataaaagtacgaccaaaaagggtagaagt
aaaaagcagaaagccaggaatagccatactcaaggtagtgagagctctcctggagttgaa
tcaccgccatgtgatatgactccgccgacttatgacaatgtttgtggatctatgatgggc
atgggcatgcgttcacaaatgaatggaatagatgaagtttcagtaagttgtgcacaaatt
acaaatcgaatggacgaccattgtgtaatgtctaatcactataaaaatgactctgtaatg
gagcagcatcatcggaacatggaaatgatgtcaaatgattggatacaaaaccaacagcag
catccaatgtcacagtcacccctagcgacatcttctatcccaactcccccttccagtaac
ccatctcacaatagtccattgagcattgatggtaaactctccccaatgaaaggaaaaatg
ctccctacatcaccacctcattatttagctatgcaaaaccaagcacaacgaaatcgtccg
caaaaaagtccccatcattatcatattgacaattttccatttgatcagcaacaacagaat
cctatggacaatagccatcataatatgcagccttacactataatgtatgataatcatcat
aggcagaaagtatccaccccgatgcagattcagcatgttccacaatatcccaccccacca
tcacaacacagttatctgggatcagatgccactccgccgcaaggccttactgctcttcca
gaaaatattcttacaccttcgccggactcaccgggtcactggtccagttcatcaccgcat
tcagcacattctgattggtcggagggtatttcgagcccagtgcctcctattggccaacaa
ccaatgaaaggacgaaacacaatttcaagtgatgctgtgtttatctga
DBGET
integrated database retrieval system
