Schistosoma mansoni: Smp_157740
Help
Entry
Smp_157740 CDS
T01095
Name
(RefSeq) putative rna polymerase Rpb1
KO
K03018
DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1 [EC:
2.7.7.6
]
Organism
smm
Schistosoma mansoni
Pathway
smm03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
smm00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
Smp_157740
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
smm03021
]
Smp_157740
Enzymes [BR:
smm01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
Smp_157740
Transcription machinery [BR:
smm03021
]
Eukaryotic type
RNA polymerase III system
RNA polymerase III
Core subunits
Smp_157740
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
CID
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
8343133
NCBI-ProteinID:
XP_018654914
LinkDB
All DBs
Position
W:34634304..34664936
Genome browser
AA seq
1342 aa
AA seq
DB search
MPSLYKPPDLPRIVENIKFQLCSEGDLKRLSHVQVLKCLLYAEGQSNRRALDYGLLDPRL
GANKRDELCATCGLDYQTCIGHWGYFDLPTPIYHVGYTWHIVKILQTICKTCSRVLLPEQ
QRARFSISCSNPSLDYVHKKQLRKAIHKLSSRVHVCPFCSALNGVVTKGTSLSYVVHDIF
RHAKAKVDEYVNEFAKVITENTDLAPVVRKGLEIIRPGKALQLFSKIPEEDLPLLLMPFD
SQWTTHPRNLIVQRVPVCPSAIRPSVVSEVRSGTNEDDLTQMYQWILAQAATIEEDIGEA
DQIACLDNLHAEFARLINSQQSGLPPVQDHKFMRGLLQRLAGKHGRFRGSLLGKRTNFTA
RTVISPDPNMRIDEVCIPVHCAKLLTYPERVTDFNLNFLRSLVLNGPNNYPGAMFVSYKL
RGERKRQAEASGNSDVVKRFLASERAREDVAKYLQSGDIVERHLLDDDIVLFNRQPSLHR
VSIQAFRAVVKPFRTFRFNPCCCTPFNADFDGDEMNIHLPQTEAARAEAKHLMLSLKNIV
SPKNGEPLISPIQDLITATHLLTLKDVFLNRDQACTLAAQLLAGNHLGRLLSLPKPAILW
PVALWTGKQIFGLILSPHPSTGIKVNLRVPTKSMYSSKGQEMCPNDGFVLIQNSELLAGC
VDKKLLGGGSKSSIFYTLLRDYGREACADAMWRLGRIALFFLAHRGFSIGLGEVMPSSDL
VASKTALISRGFATCDDYINQYQMNTLVCNPGCSMEDTLESNISQELSKIRDEAGAACKR
QLHPSNSPLVMAQSGSKGSFLNISQMIACVGQQVIGGKRVPDVINGRSLVHFPPGSRTPE
AKGFVGNSFYSGLSPSEFFFHAMSGREGLTDTAVKTADTGYMQRRLVKFLEDLAVAYDDT
VRDSRGDIIQFRYGSDGLDPLEMETDTFPVNFVKEMEHIRTSYDCPHEVGMSAEELELAV
EVVFQLDAFRHLDSRLCSAIKEFIHNSVCPRIRKWQEWCTEHANGSNLINQNERLTRTQL
RIFLTHVKEKYEKALIEPGTAVGALCGQSVGEPATQMTLKTFHFAGVASMNITQGVPRMR
EIVNAAARIKTPLICVTLTDPFSASLARQVKLSIEPTRLADISLSLSQCLTPEYVYVAIK
LDKKRMDRRGITTPQVATAIQTTKLKKTKLSRVTYSKDYIFVYPVDLNALETVVKLVEDV
IVKGIPGVSRVVIQQDKGEHIIFVEGARLREVMCIPGVVAERTRSNNILEVEQVLGVEAA
RRVVIDELLAVMEGHGVEVNVRHVMLLADVMTNKWSTMDQCIVDDKIEMYLPYDVNENKK
LTIENAAKNDKNKRLILNIMSC
NT seq
4029 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgccgtctctgtacaaaccccctgatttgcctagaattgtagaaaacataaaatttcag
ctgtgcagtgaaggtgacctgaaaagattaagtcacgttcaggttctgaagtgtcttctc
tatgcggaagggcaaagcaatagacgagccttagattacggcctgttagatccaagactt
ggtgcaaataagagagatgagctgtgtgctacttgtggcttggactatcaaacatgtatt
ggtcattgggggtacttcgatttaccgacgccaatttatcatgtgggatatacttggcat
atagtaaaaatattacagactatctgcaaaacttgctcacgcgtccttctccctgagcaa
caacgtgccagattttcgattagttgttctaacccaagtttggactacgtacataaaaaa
caactcagaaaagcgatacacaaattgtctagcagggtacatgtctgtccgttctgctca
gcgcttaatggtgttgttacgaaaggtacgagtctttcgtacgttgttcatgatatattt
cgacatgcaaaagcaaaagtcgatgaatatgtaaatgagttcgcaaaagttatcacagaa
aatacggatttagctccagttgttcgtaaaggtttggaaattatacgacccggaaaggct
ctgcaattgttttctaaaattccagaagaagatttgccattactcctcatgccttttgat
tctcaatggactactcacccgcgaaacttgattgtccagagagtacctgtatgcccaagt
gctatcagaccatcagttgtttctgaagtccgtagtggaactaatgaagatgaccttact
caaatgtatcagtggatattagctcaggcagcgacaattgaagaagatatcggggaggca
gatcaaatcgcgtgtttagataacttacacgccgaattcgcaagactaattaattcacaa
caatcaggtttgcctcctgttcaagatcataagtttatgcgtggtttacttcaaaggtta
gctggtaaacatggtcgatttcgtggtagcctgttgggtaaacgaacaaattttactgcc
agaactgttatttcaccagatccaaacatgcgaattgatgaggtatgcattccagtccat
tgtgcgaaattgctaacatatcctgaacgtgtgactgatttcaatctgaattttcttcga
tctcttgtactgaatggaccaaataactatcctggagctatgtttgttagttataaacta
cgtggtgagaggaaacgccaagccgaagcatctggtaattctgatgtagtaaaacgtttc
ttggcatctgaacgtgcacgtgaagatgtagcaaaatatttacaatcaggtgatatagtt
gaaagacacttattggatgatgatattgttctgtttaaccgtcaaccctcactacatcgt
gtatctattcaagcattcagagcggttgtaaaaccttttcgaacttttcgtttcaatcca
tgctgttgtacaccattcaatgcagatttcgatggggatgaaatgaatatacatcttcca
caaactgaagcagctcgtgctgaagcaaaacatcttatgctgtctctcaagaatattgtt
agccctaaaaatggtgagccgttaatttcaccaattcaagacctaataactgcaacacat
ttgttgaccttgaaagacgttttccttaatcgtgatcaggcttgtactttagccgctcag
ctattagctggtaaccatttgggtcgacttttaagtttaccgaaaccggctatattatgg
cctgttgctctatggactggtaaacagatatttggtctcattctttcacctcatccatcc
actggaattaaggttaaccttcgggtaccaacaaagtctatgtattcatcaaaaggtcaa
gaaatgtgtccaaatgatggttttgttctaattcaaaatagtgagctccttgcgggatgt
gtagacaaaaagttacttggaggtggaagcaagtcaagcatattctacacattacttcga
gattatgggagagaagcttgcgcggacgctatgtggcgtttaggaagaattgctttgttt
ttcctggcacatcgaggtttttcgatcggacttggtgaagtaatgcccagctcagatctt
gttgcatctaaaacagcattgattagtcgtggatttgccacttgtgatgattatatcaat
caatatcagatgaatacactagtctgtaatccaggatgtagtatggaggatacgcttgaa
tctaatataagtcaagagttgtcgaaaattcgtgacgaagcaggagcagcttgtaagcgt
cagcttcacccatcgaactcaccacttgtcatggctcagtcagggtcaaaaggttcattt
ctcaacatatctcaaatgattgcttgtgttggtcaacaagtaattggtggtaaacgtgtt
ccagatgttattaatggacgcagtctagttcatttccctccaggttcacgaacacctgaa
gcaaaaggatttgttggaaacagtttttattcaggtctttcaccatctgaattctttttc
catgctatgagtggtcgtgaagggttgactgatactgctgtaaaaactgcagatacaggt
tatatgcaacgaagactagtcaagtttcttgaagatttggcggtggcttacgatgatact
gtacgtgatagtcggggcgacataatccaatttcgttacggttccgatggcctggatcct
ttagaaatggaaacagatacatttcctgtgaattttgtcaaagaaatggaacatataaga
actagttatgattgccctcatgaagttggaatgtctgctgaagagttagaactagcagta
gaggttgtctttcaacttgatgcatttcgacatttagatagtcgtttatgttcagcaatc
aaagaatttatacacaattcagtttgcccgagaattcgtaaatggcaagaatggtgtaca
gaacatgcaaatgggtcaaatttaatcaatcaaaatgaacgtttgactagaacacaacta
cgtatatttttgacacatgttaaagagaaatatgagaaagctttaattgaaccaggcaca
gctgttggtgcattatgtggtcaatctgttggtgaaccagctacacagatgacattaaaa
acatttcactttgctggtgtagctagtatgaatattactcaaggtgtcccacgtatgcgt
gaaattgttaatgcagcagccagaattaaaacaccattgatttgtgttactctaactgat
ccattctcagcatcattagcgcgtcaagttaaattgtctattgaaccaacacgactagca
gatatatcgttgtcattaagtcagtgtttaacaccagaatatgtatatgttgctattaaa
ttagataaaaaacgaatggatagacgtgggattacaacacctcaagtcgctacagctatt
caaacaactaagttaaagaagaccaaattatcgcgtgtaacctattcaaaagattatata
tttgtatatccagtggatttgaatgcgttggaaacagttgtcaaattagttgaagatgtt
attgttaagggtatacctggtgtatctcgtgttgtaattcaacaggataaaggcgaacat
ataatttttgttgaaggagctcggttacgcgaggtaatgtgtataccaggcgtcgttgct
gaacgtacacgaagtaataatattttagaagtggaacaagtgttgggtgtggaagcagct
cgacgtgttgttattgacgagttactagccgttatggaaggtcacggtgtcgaagtaaat
gtacgtcatgtaatgctgttagctgatgttatgactaataagtggagtacaatggatcaa
tgtatagttgatgataagatcgaaatgtatttaccatatgatgtcaatgagaataaaaaa
ctgaccatagaaaatgcagctaagaatgataaaaataaacgcttgatactaaatataatg
tcttgttag
DBGET
integrated database retrieval system