Aliivibrio fischeri ES114: VF_A1038
Help
Entry
VF_A1038 CDS
T00236
Name
(GenBank) EAL/GGDEF domains protein, adjacent to Syp polysaccharide locus
KO
K20962
c-di-GMP phosphodiesterase [EC:
3.1.4.52
]
Organism
vfi
Aliivibrio fischeri ES114
Brite
Enzymes [BR:
vfi01000
]
3. Hydrolases
3.1 Acting on ester bonds
3.1.4 Phosphoric-diester hydrolases
3.1.4.52 cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
VF_A1038
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
EAL
GGDEF
GAF_2
Filament
DUF5487
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AAW88108
UniProt:
Q5DYN8
LinkDB
All DBs
Position
II:1172254..1174146
Genome browser
AA seq
630 aa
AA seq
DB search
MQKTLTSAIDIPEQMQNDWQNMLDILSNVINVPAALIMRIYDNDIKVFSSSSSTENPYIK
GATEKLNQGLYCETVIEERQELTVFNALVDPEWRSNPDLKQNMIAYCGLPLYWPDNTPFG
TLCILDKKENHFSPTYQKLMKTYQHSIEAQLNTLYQHADLLNRHQELQAEVARTTQHLNE
INIKLSNEIDCRRAAEQKVEYHKNHDVNTGFLNPIAIHKHVDSLIKSETKFVLLHIHFAN
SRKIQQEYGYQAFDSLLIEYRSKLTKITDTSVTGRLGSSDILLIIQTDKEKLPQLCQHLS
EIGQANYTANEQSLHLQTYVGAVHSKEGISRSDLLQFAYDTVVKCQSLGKTFTIADVSLP
TQSSLSEHKIERYLLEAVRNHDLFLNYQPKVCPVNKKWIGCEALLRWNHPHLGAIANDVL
IQLAERNGLIYELGNFALRNAIQQASEWILHSPNFVMAVNISAVQLKDPHFVTHIKQLLS
LYQLPSKNLELEVTESGLISDEPLAITTLSQLNNMGISIALDDFGTGYASFQYLKKYPFS
SLKIDKSFIANIEQNEDDQNIVCAMINIAKKLQLKVVVEGVENQNQEAFVVKEGIDLIQG
YLYSKPISATDFEEGLFNQSSIGTPYFHFV
NT seq
1893 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgcaaaaaacgttaacgtctgccatcgacattcctgaacaaatgcaaaacgattggcaa
aatatgctcgatattttatcgaatgtaattaatgtaccagctgcgttaattatgcgtatt
tatgataatgacattaaagttttttcatcaagttcttccacagaaaatccttacattaaa
ggggcaaccgaaaagcttaaccaagggctatattgcgaaaccgtaatagaagagagacaa
gaattaaccgtatttaatgctttggtagatcctgaatggcgcagtaatcccgatcttaaa
caaaacatgatcgcctattgtgggttacctctttattggcctgacaatactccttttggt
accctgtgtattctagacaaaaaagaaaatcacttttcacctacttatcaaaagttgatg
aaaacctatcaacactccattgaagctcaacttaacaccctgtatcaacatgctgattta
cttaaccgtcaccaagagctgcaagcagaagttgcaagaacaactcagcacctgaatgaa
attaatatcaagttatccaatgaaattgattgccgacgagcagcagagcaaaaagttgag
tatcacaaaaatcatgatgttaatacgggttttttaaatcccatagctattcataaacat
gttgatagtctaataaaaagcgaaactaaatttgtacttttgcatatacattttgctaat
agccgtaagatacaacaagaatacggttaccaagcgtttgattctttattaatcgaatac
cgctcaaagctaacaaaaatcactgatacttcagttacaggacgtttaggttcatcggat
attttattgattattcagacagataaagaaaagctaccgcaactttgtcagcacctatct
gaaataggccaagcaaactacacggcaaatgaacaatctctacatttgcaaacttatgtt
ggtgcagtacattctaaagaaggtatatctcgttcagatttactgcaatttgcttatgat
accgttgtaaaatgccaaagcttaggtaaaacctttaccattgctgacgtatcactgcct
actcagtcgtcattatctgaacacaaaattgaacgttatttattagaagccgttcgtaat
cacgatctattcttaaactatcaacctaaagtatgcccagtaaataaaaaatggattggt
tgtgaagcgctattacgttggaatcacccacatttaggtgcaatcgccaatgacgtattg
atccaattagcagagcgaaatggccttatttatgagctagggaactttgcacttagaaac
gcaattcaacaggcatctgagtggatcctacattcaccaaactttgtcatggccgtaaat
atttctgctgttcaactaaaagatccccactttgtaactcacataaaacaattacttagt
ttatatcaactaccttcaaaaaaccttgaactagaagtaacagaaagtggcttaatttct
gatgaaccgctggcaattacaacattaagtcaattgaataatatgggaatttctattgca
ttagatgattttggaacaggttatgcctcattccaataccttaaaaaatacccattcagt
tcattaaaaattgataaaagttttattgcaaatattgaacaaaatgaagacgaccaaaac
attgtttgtgcaatgatcaacatagccaaaaaactgcaacttaaagttgtggttgaaggg
gttgaaaaccaaaaccaagaagcgtttgtggttaaagaaggaattgacttaattcaaggt
tatctctactccaaacccatttccgcaaccgattttgaagaaggtttatttaatcaatct
tcaattggtaccccctactttcactttgtgtaa
DBGET
integrated database retrieval system