KEGG   Viruses: 3200426
Entry
3200426           CDS       T40000                                 
Symbol
S, HCHV1gp3
Name
(RefSeq) Human coronavirus HKU1; spike glycoprotein
  KO
K24325  Betacoronavirus (excluding SARS and MERS) spike glycoprotein
Virus
290028  Human coronavirus HKU1
SSDB
Motif
Pfam: CoV_S2 bCoV_S1_N bCoV_S1_RBD CoV_S1_C CoV_S2_C HSBP1 XPC-binding DUF2959
Other DBs
NCBI-GeneID: 3200426
NCBI-ProteinID: YP_173238
RS: NC_006577
UniProt: Q5MQD0
Structure
LinkDB
Position
NC_006577:22942..27012
AA seq 1356 aa
MLLIIFILPTTLAVIGDFNCTNFAINDLNTTVPRISEYVVDVSYGLGTYYILDRVYLNTT
ILFTGYFPKSGANFRDLSLKGTTYLSTLWYQKPFLSDFNNGIFSRVKNTKLYVNKTLYSE
FSTIVIGSVFINNSYTIVVQPHNGVLEITACQYTMCEYPHTICKSKGSSRNESWHFDKSE
PLCLFKKNFTYNVSTDWLYFHFYQERGTFYAYYADSGMPTTFLFSLYLGTLLSHYYVLPL
TCNAISSNTDNETLQYWVTPLSKRQYLLKFDNRGVITNAVDCSSSFFSEIQCKTKSLLPN
TGVYDLSGFTVKPVATVHRRIPDLPDCDIDKWLNNFNVPSPLNWERKIFSNCNFNLSTLL
RLVHTDSFSCNNFDESKIYGSCFKSIVLDKFAIPNSRRSDLQLGSSGFLQSSNYKIDTTS
SSCQLYYSLPAINVTINNYNPSSWNRRYGFNNFNLSSHSVVYSRYCFSVNNTFCPCAKPS
FASSCKSHKPPSASCPIGTNYRSCESTTVLDHTDWCRCSCLPDPITAYDPRSCSQKKSLV
GVGEHCAGFGVDEEKCGVLDGSYNVSCLCSTDAFLGWSYDTCVSNNRCNIFSNFILNGIN
SGTTCSNDLLQPNTEVFTDVCVDYDLYGITGQGIFKEVSAVYYNSWQNLLYDSNGNIIGF
KDFVTNKTYNIFPCYAGRVSAAFHQNASSLALLYRNLKCSYVLNNISLTTQPYFDSYLGC
VFNADNLTDYSVSSCALRMGSGFCVDYNSPSSSSSRRKRRSISASYRFVTFEPFNVSFVN
DSIESVGGLYEIKIPTNFTIVGQEEFIQTNSPKVTIDCSLFVCSNYAACHDLLSEYGTFC
DNINSILDEVNGLLDTTQLHVADTLMQGVTLSSNLNTNLHFDVDNINFKSLVGCLGPHCG
SSSRSFFEDLLFDKVKLSDVGFVEAYNNCTGGSEIRDLLCVQSFNGIKVLPPILSESQIS
GYTTAATVAAMFPPWSAAAGIPFSLNVQYRINGLGVTMDVLNKNQKLIATAFNNALLSIQ
NGFSATNSALAKIQSVVNSNAQALNSLLQQLFNKFGAISSSLQEILSRLDALEAQVQIDR
LINGRLTALNAYVSQQLSDISLVKFGAALAMEKVNECVKSQSPRINFCGNGNHILSLVQN
APYGLLFMHFSYKPISFKTVLVSPGLCISGDVGIAPKQGYFIKHNDHWMFTGSSYYYPEP
ISDKNVVFMNTCSVNFTKAPLVYLNHSVPKLSDFESELSHWFKNQTSIAPNLTLNLHTIN
ATFLDLYYEMNLIQESIKSLNNSYINLKDIGTYEMYVKWPWYVWLLISFSFIIFLVLLFF
ICCCTGCGSACFSKCHNCCDEYGGHHDFVIKTSHDD
NT seq 4071 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atgttattaattatttttattttgcctacaacattagctgttataggtgattttaattgt
actaattttgctattaatgatttaaacaccacagttcctcgcataagtgagtatgttgtg
gatgtttcttatggtttgggtacatattatatacttgatcgtgtttatttaaatactact
atattatttactggttatttccctaaatctggtgccaattttagggatctatctttaaaa
ggtactacatatttgagtactctttggtatcagaaaccctttttatctgattttaataat
ggtattttttctagagttaagaatactaagttgtatgttaataaaactttgtatagtgag
tttagtactatagttataggtagtgtttttattaacaactcttatactattgttgttcaa
cctcataatggtgttttggagattacagcttgtcaatacactatgtgtgagtatcctcat
actatttgtaaatctaaaggtagttctcgtaatgaatcttggcattttgataaatctgaa
cctttgtgtctgttcaagaaaaattttacttataatgtttctacagattggttgtatttt
catttttatcaagaacgtggcactttttatgcttattatgctgattctggcatgcctact
acttttttatttagtttgtatcttggtactcttttatctcattattatgttttgcctttg
acttgtaatgctatatcttctaatactgataatgagactttacaatattgggtcacacct
ttgtctaaacgccaatatcttcttaaatttgacaaccgtggtgttattactaatgctgtt
gattgttctagtagtttctttagcgagattcaatgtaaaactaaatctttattacctaat
actggtgtttatgacttatctggttttactgttaagcctgttgcaactgtacatcgtcgt
attcctgatttacctgattgtgacattgataaatggcttaacaattttaatgtaccctca
cctcttaattgggaacgtaaaattttttctaattgcaactttaatttgagtactttgctt
cgtttagttcatactgattctttttcttgtaataattttgatgaatctaagatatatggt
agttgttttaagagtattgttttagataaatttgccatacccaactccagacgatctgat
ttgcagttgggcagttctggttttctgcaatcttctaattataaaattgacactacttct
agttcttgtcaattgtattatagtttgcctgcaattaatgttactattaataattataat
ccttcttcttggaatagaaggtatggttttaataattttaatttgagctctcatagtgtt
gtttactcacgttattgtttttctgttaataatactttttgtccttgtgctaaaccttct
tttgcttcaagttgcaagagtcataaaccaccttctgcttcctgtcctattggtactaat
tatcgttcttgtgagagtactactgtactcgaccacactgactggtgtaggtgttcttgt
ttacctgatcctataactgcttatgaccctaggtcttgttctcaaaaaaagtctctggtt
ggtgttggtgaacattgtgcagggttcggtgttgatgaagaaaagtgtggtgtattggat
ggatcatataatgtttcttgtctttgtagtactgatgcctttctaggttggtcttatgac
acttgcgtcagtaacaaccgttgtaatattttttctaattttattttaaatggtatcaat
agtggtaccacttgttctaatgatttattgcagcctaatactgaagtttttactgatgtt
tgtgttgattacgacctttatggtattacaggacaaggtatttttaaagaagtttctgct
gtttattataatagttggcaaaatcttttgtatgattctaatggcaacattattggtttt
aaagattttgttactaataaaacatataatattttcccttgttatgcaggaagagtttct
gctgcttttcatcaaaatgcttcctctttggctttactttatcgtaatttaaaatgtagc
tatgttttgaataatatttctttaactactcagccatattttgatagttatcttggttgc
gtttttaatgctgataatttaactgattattctgtttcttcttgtgctcttcgcatgggt
agtggtttttgtgttgattataactcaccttcttcttcctcttcgcgtcgtaaacgtaga
agtatttctgcttcttatcgttttgttacttttgaaccctttaatgtcagttttgttaat
gacagtattgagtctgtgggtggtctttatgagatcaaaattcccactaactttactata
gttggtcaagaggaatttattcaaactaattctcctaaagttactattgattgttcttta
tttgtctgttctaattatgcagcttgccatgacttattgtcagagtatggcactttttgt
gataatattaatagtattttagatgaagttaatggtttacttgatactactcaattgcat
gtagctgatactcttatgcaaggtgtcacacttagctccaatcttaatactaatttgcat
tttgatgttgataatattaattttaaatccctagttggatgtttaggtccacactgcggt
tcttcttctcgttctttttttgaagatttattgtttgacaaagttaaactttcagatgtt
ggttttgttgaagcttataacaattgtactggtggtagtgaaattagagatcttctttgt
gtacaatcctttaatggtattaaagttttgcctcctattttgtctgaatctcaaatttct
ggttacaccacagccgctactgttgctgctatgtttccaccatggtcagcagcagctggc
ataccattttctcttaatgtacaatatagaattaatggtttgggtgttactatggatgtt
cttaataaaaatcaaaagttgatagctactgcttttaataatgctcttctttctattcag
aatggttttagtgctaccaactctgcacttgctaaaatacaaagtgttgttaattctaat
gctcaagcacttaatagtttgttacagcaattatttaataaatttggtgcaattagttct
tctttacaagaaattttatctcgtctcgatgctttagaggctcaggttcagattgatagg
cttattaatggtcgtttaactgctttaaatgcttatgtctctcaacagcttagtgatatt
tctcttgtaaaatttggtgctgctttagctatggagaaggttaatgagtgtgttaaaagt
caatctcctcgtattaatttttgtggtaatggtaatcatattttgtcattagttcaaaat
gctccttatggtttgttgtttatgcattttagttataaacctatttcttttaaaactgtt
ttagtaagtcctggtttgtgtatatcaggtgatgtaggtattgcacctaaacaagggtat
tttattaaacataatgatcattggatgttcactggtagttcttactattatcctgaacca
atttcagataaaaatgttgtttttatgaatacttgttctgttaattttactaaagcgcct
cttgtttatttgaatcattctgtaccaaaattgtctgattttgaatctgagttatctcat
tggtttaaaaatcaaacatccattgcgcctaatttgactttaaatcttcatactattaat
gctacttttttagatttgtattatgagatgaatcttattcaagagtctattaagtctttg
aataatagttatatcaatcttaaagatataggtacatatgaaatgtatgtaaaatggcct
tggtatgtttggctactaatttctttttcatttataatattccttgtattgctctttttt
atatgttgttgtactggttgtggttctgcatgttttagtaaatgtcataattgttgtgat
gagtatggtggtcatcatgattttgttatcaaaacatctcatgatgattag

DBGET integrated database retrieval system