KEGG   Viruses: 5741389
Entry
5741389           CDS       T40000                                 
Symbol
S, BCHV2_gp3
Name
(RefSeq) Rhinolophus bat coronavirus HKU2; spike glycoprotein
  KO
K19254  Coronaviridae (excluding betacoronavirus) spike glycoprotein
Virus
693998  Rhinolophus bat coronavirus HKU2
SSDB
Motif
Pfam: CoV_S2 CoV_S2_C bCoV_S1_N CoV_S1_C Prominin FapA Baculo_PEP_C Use1
Other DBs
NCBI-GeneID: 5741389
NCBI-ProteinID: YP_001552236
RS: NC_009988
UniProt: A8JNZ2
Structure
LinkDB
Position
NC_009988:20476..23862
AA seq 1128 aa
MKLFIVFVLLFRVCYCCDYVDFRLFNGIFSTSRGLSNTTTVITGAYPSTNKAKWFCPTNV
GRPVGTGVGIGVYAQTAQASYETGGSGAGGYTFSVSPKHVTNLTWSLWVHRPWGANANVT
VRLCRWWQKFSFNETAHFQPAGPSSAFECLVNGSFPSSQHKGYMFGVTWYNDFVRIIFPP
TVFELQLDGLQWEYVQFTGPVNAGRMTKFNVVTEISSVLVLTDQSGAVTRYSYCADGFVN
GLQCKLRLFDIPPGVYSNSEVEYPVALYTVVHNMSVCPQRPESYCGSNYCPFKRVVFSNC
VVNYTSWTSGLLRDYQHLVLPNGKFNPFTECNGLNRIVDDCVTGFVLRVGRGTAVNRTVI
TPYLKPNECFGWSWNDYQDSIYDWWIADFVSTGAFVCEKNPDAPRTGVCITYTIEKVTFQ
GVLYESNFTFAQYYNVLYFGSQLKYVRILGKVYEVAPCFEASYDVLFRSSSSFGLLYRSF
DCNQLRISASRFAERLLPSHNGTATALGCLFNATYAPNDTMVNCTNPLGDGFCADLLSNV
VVRRMTFEKHDTTYVAPVTNERFTELPLDHQLVLTEQFLQTTMPKFSISCETYICDVSKA
CKNLLFRYGGFCQKIEADIRGAGVLLDSDVSGLYSTIAAKTSSITPTTDRFNVSQFFLPK
VQSNSERFESRSVIEDLLFSKIETTGPGFYGDYYNCKKNAIQDLTCAQYHNGILVIPPVM
DAETLGMYGGIAAASLTLGIFGGQAGITTWSLAMAGRLNALGVVQNALVDDVNKLANGFN
QLTASVGKLALTTSSALQAIQAVVNQNAAQVESLVSGITENFGAISTNFKVISQRLDKLE
ADVQMDRLINGRMNVLQLFVTNYKLKIAELRNTHRYVQSLINECVYAQSLRNGFCGQGLH
VLSLMQNAPSGIMFFHYSLIPNNTITVKTTPGLCESDELGSKCIVAKDGVLVSANLSYWQ
WSPRNLYKPENLTFANVIAVSRGANYTTLNRTFDIPELNSTFPIDEEFREYFQNMSSELQ
ALKNLTADMSKLNISAEIQLINEIAHNVSNMRVEVEKFQRYVNYVKWAWWQWLIIFIALT
LLAGLMLWCCLATGCCGMCGCLAATCASCCDCRGTKLQSYEIEKIHIQ
NT seq 3387 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atgaaactttttatagtttttgtgctcctttttagggtgtgttattgctgtgactatgta
gacttccgtttgtttaatgggattttttctaccagtcgtggcttaagtaatacaactact
gttattactggtgcatatccatctactaacaaagccaaatggttttgtcctactaatgtt
ggtaggcctgttggtacaggtgttggtataggtgtgtatgcgcagactgctcaagcttcc
tatgagactggaggatcgggtgctggtgggtatacttttagtgtatcacccaagcatgtc
actaatttgacgtggtcattgtgggtacatagaccgtggggtgctaatgctaacgtcact
gtgcgattgtgcagatggtggcagaagttttcctttaatgagacagcccactttcaacct
gctggtcctagtagtgcctttgagtgccttgttaatggtagttttccgtcctcacaacat
aaaggttatatgtttggtgttacttggtataatgattttgtacgtatcatatttccaccc
actgtttttgagcttcagttagatgggttgcaatgggagtatgtacagtttactggtcca
gttaatgctgggcgtatgaccaaatttaatgttgtgacagagatttctagtgttttagtt
ttaacagatcaaagtggtgctgttactaggtattcgtattgcgccgatggttttgtcaat
ggtcttcaatgtaagttgagactttttgatattccgcctggcgtatattctaatagtgaa
gttgaataccctgtagcactttacactgttgttcataatatgtcagtatgcccccagcgc
cctgagagttattgtgggtctaattattgtccatttaaaagggttgtattttctaattgt
gttgttaattacactagttggactagtggcttgttacgtgattatcaacatcttgtgctg
cctaatggcaagttcaacccatttacggagtgtaatggtttgaaccgcattgttgatgac
tgtgttacaggctttgttttaagggttggtcgtggcacagctgttaatcgtactgttata
acaccatatcttaagcctaatgaatgttttggttggtcatggaatgattatcaagacagc
atttatgattggtggatagctgattttgtgtcgacaggtgcttttgtttgtgagaaaaat
cctgatgcgccacgaactggtgtttgtattacttacactattgagaaggtcacgtttcag
ggtgttctctatgagagtaattttacatttgcccagtattataatgtactttattttggt
tcacagcttaagtacgttcgtattttgggcaaagtttatgaggttgcaccttgttttgaa
gcttcctatgatgtgctttttcgtagtagttcctcctttggtttgttatataggagtttt
gattgtaatcagctacgtattagtgcatcacgttttgccgagcggctcttaccgtctcat
aatggtactgctactgccctaggttgtttatttaatgccacctacgctcctaatgatact
atggtgaactgtactaaccctcttggtgacgggttttgtgctgatttacttagtaatgtc
gttgtgcggcgtatgacatttgagaagcatgatactacctatgtggcaccagttactaat
gaacggtttactgaattaccactggatcaccagttagtcttgactgaacaatttttgcaa
actactatgcctaagtttagcattagttgcgaaacatatatttgtgatgttagcaaagca
tgcaaaaatttattatttaggtatggtggtttttgtcagaaaattgaggctgacattcgg
ggtgctggtgttttgcttgacagtgatgttagtggtctgtattccactattgctgctaag
acaagctctattacgcctactacagatcgcttcaatgtgtcgcaatttttcctgcctaaa
gtgcagtcaaattcagagcgctttgagtctaggtctgttatagaggatttgctatttagc
aaaatagagacgaccggccctggtttttatggtgactattataattgtaagaaaaatgct
atacaggaccttacttgtgcacagtatcataatggtatacttgttataccaccagttatg
gatgctgagacattggggatgtatggtggtattgcagctgcttctcttacacttggtatc
tttggtggccaagctggcatcactacgtggtctcttgctatggctggtcgccttaatgca
ttaggtgtggttcaaaatgcgctggttgatgacgttaataagttagctaacggctttaat
cagcttactgccagtgttggaaagctcgctttgactacttctagtgcattacaggctatt
caagctgttgttaatcagaatgctgcccaggttgagtcacttgttagtggaattactgag
aattttggtgctattagtaccaattttaaagtgatttcgcagaggctcgataagcttgag
gccgatgttcagatggatcgattaatcaatggtaggatgaatgttttacagttgtttgtc
accaattataaattgaaaattgccgagttgcgcaacacacatcgttatgttcaatctttg
attaatgagtgtgtttacgcacagagcttgagaaatggtttttgtgggcagggacttcat
gtactgtcacttatgcaaaatgcacctagtggtataatgtttttccattattcacttata
cctaataacactatcaccgttaaaaccacaccaggtctttgtgagagtgatgaattaggt
tctaagtgcattgttgctaaggatggtgttctagtctctgctaatttaagttactggcag
tggtcaccgcgtaatctttataagccggaaaatttgacatttgctaatgtcattgccgtt
tcccgtggtgctaattataccacattgaatagaacttttgacatacctgaactgaacagt
acttttcccattgatgaggagtttcgtgagtattttcagaatatgtcatctgagctgcag
gccctgaaaaatttgactgctgatatgagcaagcttaacattagtgctgaaattcagctc
attaatgaaattgctcataacgtttctaacatgcgcgttgaggtagagaaatttcagcgc
tatgttaattatgtcaaatgggcttggtggcagtggcttattatttttatagctttgact
ttgcttgctggtcttatgctttggtgctgtcttgctacaggctgttgtggtatgtgtggt
tgcttagcagctacttgtgcctcatgttgtgattgtagaggaactaaacttcaatcttac
gagattgaaaagatccatattcagtaa

DBGET integrated database retrieval system